Рассмотрены методологические проблемы учета региональных особенностей в задаче обеспечения защищенности объектов топливно-энергетического комплекса от несанкционированных действий. Проанализированы недостатки существующих подходов. Предложена методология, сочетающая в себе качественный и количественный подход к оценке безопасности объектов топливно-энергетического комплекса и учитывающая изменения в системе Федерального законодательства. Выполнена экспресс оценка показателя безусловной уязвимости, характеризующего региональные аспекты обеспечения безопасности объектов топливно-энергетического комплекса на примере одного из регионов РФ.