Schwämme (Phylum Porifera) sind der älteste rezente Tierstamm der Erde. Insbesondere marine Vertreter sind oftmals mit einem mikrobiellen Konsortium assoziiert, welches hochgradig wirtsspezifisch und phylogenetisch divers ist. Der Mangel an kultivierbaren Vertretern der Schwamm-spezifischen Kladen erschwert dabei eine gezielte funktionelle Charakterisierung. Von besonderem Interesse hierbei ist das exklusiv in marinen Schwämmen vorzufindende Candidatus Phylum Poribacteria, für das bislang kein kultivierter Vertreter vorliegt und sich durch das Vorhandensein einer Nukleoid-ähnlichen intrazellulären Struktur auszeichnet. Im Rahmen dieser Arbeit gelang durch die Anwendung von neuen, Einzelzell-basierten Methoden eine spezifische Verknüpfung von Phylogenie und Funktion Schwamm-assoziierter, nicht-kultivierbarer Bakterien. Diese Studie gewährte zudem erstmalig umfassende Einblicke in das genomische Potential der nicht-kultivierten, Schwamm-assoziierten Poribacteria. Einzelzell-basierte Experimente, wie sie im Rahmen dieser Dissertation durchgeführt wurden, haben dazu beigetragen, das Verständnis von der Interaktion zwischen Bakterien und eukaryontischen Wirten zu erweitern.