Магония падуболистная представляет собой раскидистый кустарник высокой около 1 м. Прямостоящие, разветвленные побеги имеют круглое сечение небольшого диаметра. Ветви покрывает красновато-серая гладкая кора. С возрастом она приобретает буро-серую окраску и растрескивается.