В учебном пособии представлен базовый материал, необходимый для овладения знаниями и первичными навыками по компьютерному моделированию молекулярной динамики. Пособие включает в себя краткий лекционный материал, раскрывающий ключевые идеи и понятия, описание и примеры компьютерных программ, блок-схем основных процедур молекулярно-динамических расчетов.