Корпус Fractal Design Define Nano S имеет такую конструкцию, которая позволяет свести к минимуму проблему совместимости при установке внутренних плат и агрегатов. К этому следует добавить высокий уровень шумоизоляции и компоновку Mini-ITX. В представленной модели успешно реализована запатентованная технология ModuVent, заключающаяся в применении дополнительных вентиляционных воздухозаборников сверху корпуса, многократно повышающих оборот вентилируемого воздуха внутри. Внутреннее пространство Fractal Design Define Nano S рассчитано на одновременную установку шести вентиляторов (два вентилятора идут в комплекте и уже предустановлены) и, кроме того, системы водного охлаждения (СВО). Для СВО даже предусмотрено специальное крепление (для помпы и емкости с охлаждающей жидкостью). Также в корпусе можно поместить и подключить для одновременной работы до четырех винчестеров. Внутренняя архитектура позволит удобно распределить все соединительные кабели, для чего предусмотрены специальные липучки для захвата проводов.