Общая либерализация режима сказалась и на оживлении деятельности конфессий. С 1950-х гг. наблюдается активизация религиозности в стране и некоторое укрепление положения РПЦ в СССР. К концу правления Н.С. Хрущева противостояние светского руководства с религиозными оппозиционерами приобретает стабильный характер. С конца 1960-х гг. обостряются отношения между Патриархией и религиозными диссидентами. В 1976 г. была создана первая религиозная организация правозащитного характера - Христианский комитет защиты прав верующих в СССР. В начале 1960-х гг. произошел раскол, подобный более позднему в РПЦ, у евангельских христиан-баптистов. Группа ЕХБ, отказавшаяся принять мероприятия с подачи светских властей, в противовес легальному Всесоюзному совету ЕХБ образовала Совет церквей ЕХБ. В 1960-е гг. было нарушено единство секты пятидесятников. Отказавшиеся принять данные меры пятидесятники оказались так же, как и сторонники СЦЕХБ, диссидентами в самой религиозной оппозиции.