В богатейшем собрании музея Клюни в настоящее время представлено более 23 тысяч экспонатов. Среди них уникальные средневековые витражи, изделия из бронзы, эмали, испано-мавританская керамика и итальянская майолика XV—XVI веков, резьба по дереву и кости, фрагменты статуй, украшавших галереи собора Нотр-Дам в Париже. Настоящее чудо музея — это поражающие многоцветьем шпалеры «мильфьёры», которые переносят в атмосферу средневекового замка. В отдельном, специально построенном зале можно увидеть мировой шедевр — серию из шести шпалер «Дама с единорогом».