Les travaux au sein de l'economie fondee sur la connaissance montrent l'emergence de l'innovation comme modalite de concurrence ainsi que le r?le croissant des relations cooperatives. La these questionne ce lien entre cooperation et innovation, ? partir d'une analyse theorique ancree dans le paradigme de la connaissance, et d'une etude empirique originale realisee aupres de plus de 600 PME fran?aises. Les resultats statistiques et qualitatifs permettent de preciser les facteurs organisationnels et environnementaux de l'innovation par la cooperation. Loin d'?tre systematiquement generee par la cooperation, l'innovation repose sur les capacites propres des firmes et sur les configurations partenariales adoptees. Dans un contexte de faible cooperation des PME fran?aises, l'identification des dimensions intentionnelles et cognitives de l'apprentissage permet de ne plus apprehender les PME et la cooperation de maniere unifiee mais bien dans leur diversite. Par ailleurs, l'observation d'effets auto-refor?ants entre les caracteristiques de la firme et de la cooperation conduit ? nuancer l'effet des partenariats pour l'innovation dans les PME.