В учебном пособии изложены некоторые общие положения квантовой теории строения, спектров и химических превращений молекул. Основное внимание уделяется не математической стороне теории, а вопросам, необходимым для понимания основных допущений, роли моделей, дополнительности (по Н.Бору) матричного формализма и формализма дифференциальных уравнений. Обсуждается проблема точности расчётов как результата сравнения двух нечётких множеств, задача поиска молекулярных структур и невозможность их предсказания лишь на основе первых принципов квантовой механики. Специальный раздел посвящен анализу особенностей химической связи в молекулах. Кратко изложен подход к описанию нестационарных процессов - динамических спектров и химических реакций. В книге использован опыт преподавания автором соответствующих разделов студентам МФТИ, чтения курсов лекций на Химфаке МГУ и в ряде европейских университетов.