Прошло два года с тех пор, как Олег Гарин и Михаил Столяров вернулись из Зоны. Столяров продолжает служить в СБУ, Гарин женился и занялся бизнесом. Но в мире вновь начинают происходить необъяснимые события: пропадают люди, терпят крушения самолеты и поезда. В одной из таких аварий гибнет жена Олега Гарина, и он уже не может закрывать глаза на эти происшествия. С Гариным связывается подполковник Столяров и подтверждает его догадку: череда катастроф - это не совпадение, а признаки воздействия пси-оружия. Гариным движет жажда мести, а Столяровым - офицерский долг, и оба хорошо знают, где следует искать разработчиков пси-оружия. Так они возвращаются в Зону. S.T.A.L.K.E.R.