In Far Cry 3 übernimmt der Spieler die Rolle von Jason Brody, einem Mann der sich alleine am Rand der Welt wiederfindet, gestrandet auf einer mysteriösen Tropeninsel. In diesem primitiven Paradies, wo Gesetzlosigkeit und Gewalt die einzigen Konstanten sind, entscheidet der Spieler, wie sich die Geschichte entwickelt. Angefangen von den Kämpfen, die er eingeht, bis hin zu den Feinden und Verbündeten, die er sich auf seinem Weg macht. Als Jason Brody muss sich der Spieler auf seinen Weg durch das Eiland schießen, schleichen, sprengen und hacken, während er auf eine Welt stößt, die jeglichen Sinn für Gut und Böse verloren hat.