Einige Jahre nachdem die Erweckung Arfoire"s abgewendet werden konnte, lebt Gamindustri immer noch in Frieden ohne besondere Vorkommnisse. Die CPUs und ihre jüngeren Schwestern genießen ihr friedliches und glückliches Leben... Bis der CPU von Planeptune, Neptune, eines Tages in eine andere Dimension geschickt wird. Die neue Dimension unterscheidet sich nicht groß von ihrer vorherigen, bis Neptune dann bemerkt, dass es sich um das Gamindustri der 80er Jahre handelt. Hier treibt eine Gruppe von Schurken mit dem Namen "Seven Sages" ihr Unwesen. Ziel der "Seven Sages" ist es eine neue Welt ohne CPUs zu erschaffen. Mit der Hilfe ihrer neuen Freunde und dem CPU der neuen Dimension, Plutia, liegt es nun an Neptune ein völlig anderes Gamindustri zu verteidigen. Features: - Neuartiges "Scout System": Aussenden von Scouts, die sich hochleveln lassen, zur Erforschung der Dungeons und Sammeln nützlicher Informationen - Neuartiges "Flag System": Sogenannte "Flag"-Stationen in Dungeons lassen sich reparieren, um verschiedene Ereignisse zu aktivieren, was dem Spieler neue Items oder andere Vorteile verschafft - Crafting System: Das Sammeln und Brennen leerer Spiele-Discs mit verschiedenen Daten ermöglicht dem Spieler, versteckte Fähigkeiten zu erlangen. Kombiniert man die Daten richtig, so erhält man zum Beispiel ein "göttliches Spiel". Hauptfigur und Gefährten können mit diesen Fähigkeiten anschließend ausgestattet werden.