Im Jahre 2100 herrscht auf der Erde Chaos. Das Wasser ist verseucht, die Hälfte der Erdbevölkerung ist tot und die Überlebenden werden von einem Diktator unterjocht. Nur Professor Brin stellt sich den Herrschenden entgegen und begibt sich mit seinem U-Boot, der Nautilus, auf eine lebensgefährliche Mission: Zurück ins Jahr 1997. Hier hat die Katastrophe ihren Anfang genommen und hier müssen er und und seine Crew die Experimente unterbinden, die später die Menschheit fast vernichten. Doch bald stellt er fest, das er nicht nur gegen die Militärs des 20.Jahrhunderts kämpft, sondern auch noch gegen einen Verräter in seiner eigenen Crew. Ist die Menschheit zum Untergang verdammt?