Das neue Spiel beginnt, nachdem ein Gefangenentransporter von der Straße abkommt und einen einsamen Gefangenen unfreiwillig in die Freiheit entlässt: Murphy Pendleton ist in Silent Hill gestrandet. Pendleton macht sich daran, seine neue Umgebung zu untersuchen, und auf die Spieler warten knackige Rätsel und Begegnungen mit furchterregenden Monstern und dem Schrecken einer anderen Welt.